La Fundación SEPI fue constituida mediante escritura pública de fecha 18 de diciembre de 2012 fruto de la fusión entre la Fundación SEPI y la Fundación Laboral SEPI. Esta fusión tiene su origen en el acuerdo del Consejo de Ministros de 16 de marzo de 2012, por el que se aprobó el plan de reestructuración y racionalización del sector público empresarial y fundacional.

El 7 de febrero de 2013 fue publicada en el BOE la Orden 2943/2012, de 28 de diciembre, del Ministro de Educación, Cultura y Deporte, por la que resolvió “inscribir en el Registro de Fundaciones la Fundación SEPI y su Patronato, todo ello con efectos de 1 de enero de 2013, procediendo la cancelación registral de las Fundaciones fusionadas. A partir de ese momento, la citada entidad adquirió su personalidad jurídica (artículo 4 de la Ley 50/2002, de 26 de diciembre, de Fundaciones). La nueva Fundación fue inscrita en el Registro de Fundaciones del citado ministerio, con el número 1.537.

De conformidad con el artículo 44 de la Ley 50/2002, de 26 de diciembre, de Fundaciones y del artículo 2, apartado 1.f) de la Ley 47/2003, de 26 de noviembre, General Presupuestaria, la Fundación SEPI tiene la condición de fundación del sector público estatal, por haberse constituido con la aportación exclusiva de la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales (SEPI) y desde febrero de 2017, en cumplimiento de lo previsto en el artículo 128. 2 de la ley 40/2015 de 1 de octubre, se añadieron a su denominación las siglas F.S.P. (Fundación del Sector Público) quedando por tanto establecido como Fundación SEPI, F. S. P.